Náklady na provoz vodního paprsku zahrnují: 

• elektřinu
• písek
• operátora
• spotřební materiál pro čerpadlo
• trysky a směšovací trubice v hlavě
• vodu

V systémech pro řezání vodním paprskem se používají dva typy vysokotlakých čerpadel: přímé (klikové) a nepřímé (se zesilovačem tlaku).

Jako první vznikla čerpadla se zesilovačem tlaku, u kterých je olej vtlačován do pístového zesilovače pod tlakem 200 bar s poměrem 1:20 a na výstupu je dosaženo tlaku 4000 bar. Tato čerpadla navíc dosahují výkonu až 50 HP (vs. klikové 30 HP), čímž se výrazně rozšiřuje možnost použití otvorů různých průměrů, což přímo ovlivňuje kvalitu a efektivitu obrábění. Čerpadla s posilovačem použitá v tryskách KIMLA umožňují plynulé a snadné nastavení tlaku od 500 barů, což automaticky řeší problémy vyskytující se u klikových čerpadel.

U klikových čerpadel je voda čerpána třemi písty poháněnými klikovým hřídelem. Jedinou pozitivní vlastností klikového čerpadla je dosažení větší účinnosti (cca o 10 %) než v případě klasických čerpadel, což je způsobeno absencí nepřímého přívodu oleje, který se během provozu zahřívá.

Kliková čerpadla generují tlak 3500 barů, moderní čerpadla s posilovačem dosahují tlaku až 6000 barů (při zkouškách bylo dokonce až 14000 barů). Kromě toho je provoz klikových čerpadel až čtyřikrát dražší, protože frekvence pohybů pístu je několikanásobně vyšší, což vede k nutnosti časté výměny drahého spotřebního materiálu. S přihlédnutím k určitým úsporám elektrické energie jsou provozní náklady klasického čerpadla stále poloviční oproti klikovému čerpadlu.

Další nevýhodou klikového čerpadla je nemožnost jeho okamžitého zastavení, což vede k velkým ztrátám energie a vody.

Provozní náklady navíc zvyšuje omezená možnost regulace tlaku řízením otáček motoru s použitím invertoru. Minimální otáčky motoru, které zajišťují jeho dostatečné chlazení, poskytují příliš vysoký tlak na bezpečné děrování a řezání skla, kvůli čemuž musí být použity přídavné hlavice omezujících energii vodního proudu.